整个游戏过程中你都要交替扮演蜘蛛侠和蜘蛛侠2099，游戏中会使用画中画技术来表现不同时间线里所发生的事件。例如，当你扮演蜘蛛侠的时候，2099可能会说他被一个巨大机器人给牵制住了。那么你作为蜘蛛侠的目标就是在“现在”找到这台机器人的原型，并且毁掉它；于是由于过去而被改变，2099所在的未来也发生了变化，那台机器人已经和刚才不同了。这种“因果效应”的游戏方式据说是《时空边缘》的基础，两位蜘蛛侠在时空中保持了恒定的交流。