21-30话
路线分支
接下来是游戏第二次的分歧剧情，分为
（A） 地面小组，超级系路线
（B） 宇宙小组：真实系路线
这里选择了B路线。
第21话（B）：未知宇宙
胜利条件：
1. 全灭敌人
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 贝尔利，克里姆，米克中任意一位遭到击坠
敌方配置：莫兰*8，基拉-德卡*6
敌方增援：莫兰*8，盖特拉修
SR获得条件：通过关卡前，任意我方单位的ExC值达到最大值10
要点：获得此关SR的方法很简单，将第一轮的敌机全部打残血，然后选一架机体冲入人堆，通过反击击坠敌方来提升ExC，到达10就可以得到SR，随后敌方出现增援，而G-self增加新武器。全灭敌人后通过此关。注意敌方增援的盖特拉修有防御力场能力，需要加上直截攻击。
第22话（B）：雷汉顿的血脉
胜利条件：
1. 击坠盖特拉修
2. 击坠沙扎比
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 阿姆罗，托比亚中任意一位遭到击坠
敌方配置：卡萨-D*6，基拉-德卡*4，莫兰*5，莫兰（林格），盖特拉修
敌方增援：基拉-德卡*4，莫兰*4，沙萨比
我方增援：ν高达，海盗高达X1改-改，G-Lucifer
SR获得条件：3回合内击坠12架以上敌机，再击坠盖特拉修
要点：让大部队往盖特拉修靠近，顺便清理杂兵和降低盖特拉修的HP，等到了击坠12架以上后再将盖特拉修击坠就可以得到SR，缺少金钱的话可以将杂兵全清了再进行盖修拉特的击坠，盖特拉修需要使用直截攻击才能打倒。随后敌我双方出现增援，击坠沙扎比即可过关。沙扎比非常强力，会盯着阿姆罗打，并且可以行动两次，小心别被击坠。本关结束后进入共通线。
第23话：龙王，咆哮
胜利条件：
1. 击坠保卫战士，骷髅蝙蝠，王者海克力士，基钢，飞行要塞格鲁其中的3架
2. 击坠合体达
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 渡，幻龙斋中任意一位遭到击坠
敌方配置：保卫战士，骷髅蝙蝠，王者海克力士，基钢，飞行要塞格鲁，塔罗斯像*6，量产型盖佩轮坦克*4，量产型地狱直升机*4
敌方增援：合体达，量产型盖佩轮坦克*4
我方增援： 龙王丸，幻神丸
SR获得条件：在4回合内的同一回合中击坠3架目标，达成胜利条件
要点：第1回合中只有飞行要塞格鲁会朝我方靠近，不确定能达成条件的话千万别击坠，等后面的Boss上前了再进行击坠，要获得SR的话需要控好血量。大部队也要快速靠近后面的Boss机。得到SR后，小渡会换乘龙王丸，幻神丸也会作为增援登场，击坠合体达即可过关。
第24话：伟大的勇者
本关分为两部分。
第一部分：
胜利条件：
1. 全灭敌人
2. 击坠鬼火V9
失败条件：我方任意单位遭到击坠
敌方配置：量产型盖佩轮坦克*4，量产型地狱直升机*4
敌方增援：鬼火V9，塔罗斯像*4
SR获得条件：本关无SR
要点：我方只有3架机体，也没有SR点数，尽可能的消灭敌机，在第4回合会有剧情，第一部分自动结束。
第二部分：
胜利条件：
1. 全灭敌人
失败条件：
1. 甲儿遭到击坠
2. 甲儿，铁也，安玛莉中任意一位遭到击坠
敌方配置：塔罗斯像*8，巴琴B9，杰瑟11，鬼火V9，高穹U5
敌方增援：凯德拉*6，勇者喀尔达普拉
我方增援：大魔神
SR获得条件：6回合内通过关卡
要点：初期我方只有魔神Z，利用“铁壁”减少伤害，在我方增援到来之前尽力减少敌方数量。剧情后我方增援和大魔神登场，派移动力高的机体前往左上角击坠勇者喀尔达普拉，其余机体分散开清理杂兵，在6回合内全灭敌人即可得到SR和过关。
第25话：奉恩殆之名
胜利条件：
1. 全灭敌人
失败条件：
1. 安玛莉遭到击坠
2. Cygnus遭到击坠
敌方配置：符文-戈雷姆*12，狄恩贝尔，狄恩贝尔（伊欧利）
敌方增援：无
SR获得条件：通过关卡前，在任一回合内，安玛莉击坠3架敌机
要点：建议在此关前改造捷尔嘉德到一定程度，可以使此关简单很多，初期我方只有捷尔嘉德一架机体，上好“专注”及“不屈”后直接冲入人堆，在第3回合我方大部队登场，帮助捷尔嘉德收人头，得到SR后全灭敌人过关。
第26话：名为自由的翅膀
胜利条件：
1. 击坠狄恩贝尔（安玛莉）
2. 击坠沃斯-狄恩贝尔
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 安玛莉遭到击坠
敌方配置：狄恩贝尔*4，狄恩贝尔（安玛莉），符文-戈雷姆*15
敌方增援：符文-戈雷姆*2，沃斯-狄恩贝尔
我方增援： 捷尔嘉德
SR获得条件：3回合内击坠所有狄恩贝尔后，击坠安玛莉
要点：本关SR的难点由于是要击坠所有狄恩贝尔，再击坠安玛莉，所以路上的戈雷姆只能不去管了，大部队中移动力高的机体全速朝狄恩贝尔前进并且集中攻击狄恩贝尔，落后的机体再清理戈雷姆，同时也要降低安玛莉的HP。达成条件后获得SR。击坠安玛莉后，她会换乘回捷尔嘉德并学会新武器，击坠沃斯-狄恩贝尔后过关。
第27话：命中注定的对手
胜利条件：
1. 击坠飞龙
2. 全灭敌人
失败条件：
1. 舞人遭到击坠
2. 我方战舰遭到击坠
3. 舞人遭到击坠
敌方配置：飞龙
敌方增援：
1. 史诺比*3，T盖尔5656*3，终极音速号8823*2，仁王*3，终极音速号8823（沃尔夫刚果）
2. 盖特拉修，马克刀（面具），马克刀（马妮），马克刀（芭拉拉），杰钢*4，基拉-德卡*4
3. 飞龙
我方增援： 凯撒大帝
SR获得条件：6回合内通过关卡
要点：在此关开始前改造一下特急勇者。一开始是舞人和乔的单挑，由于SR有回合限制，因此直接给舞人加上“气势”后用纵一文字，两回合的攻击加上一次反击足够打倒飞龙了。剧情后敌我双方增援出现，再过1回合会出现首都军和永贺一方。Boss机体非常多，所以要将大部队分成两队，朝两个方向前进来节约时间。第4回合凯撒大帝和飞龙再次出现，并且继续战斗。注意盖特拉修和终极音速号8823（沃尔夫刚果）都需要直截攻击来击坠。飞龙交给凯撒大帝就行。在6回合限制内全灭敌人后得到SR和过关。
第28话：黑暗与光明
胜利条件：
1. 全灭敌人
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 甲儿，铁也中任意一位遭到击坠
敌方配置：量产型盖佩轮坦克*5，量产型地狱直升机*5
敌方增援：
1. 迈锡尼神*6，凯德拉*8，魔神Zero，勇者喀尔达普拉
2. 暗黑大将军，古罗葛斯G5，霸尔葛斯V5
我方增援：魔神凯撒，魔神皇帝G
SR获得条件：1回合内全灭敌人
要点：获得SR要求在1回合内全灭初期的敌人，大部队冲入人堆，将每部敌机都打到残血或者击坠，在敌方阶段时靠反击来得到SR。剧情后敌方带着魔神Zero出现，甲儿和铁也会移动到魔神Zero面前，魔神Zero非常强力，并且会行动两次，小心别被击坠导致失败。撑过3个回合或者将魔神Zero的HP降到一定值以下后就会有剧情，暗黑大将军出现，随后消失的甲儿和铁也驾驶新机体出现。击坠暗黑大将军即可过关。
第29话：蔷薇的狂战士
本关分为两部分。
第一部分：
胜利条件：击坠扎古III改
失败条件：我方任意单位遭到击坠
敌方配置：量产型盖佩轮坦克*6，扎古III改
SR获得条件：本关无SR
要点：无难点的一关，但在3回合后会因剧情而自动结束战斗，所以尽量把杂兵和扎古III改都击坠就行，实在来不及就放弃一架坦克。
第二部分：
胜利条件：
1. 击坠扎古III改
2. 全灭敌人
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 渡，捷多，露中任意一位遭到击坠
3. 卡谬，玛修玛，花中任意一位遭到击坠
敌方配置：量产型盖佩轮坦克*6,，扎古III改，兹沙*4，量产型地狱直升机*7
敌方增援：仁王（三船），烧麦号（何光禄），空柏斯，仁王*4，包兹*4
我方增援：扎古III改（击败后加入），高达Z（卡密儿），梅塔斯
SR获得条件：通过关卡前，用地图兵器在一次攻击内击坠敌机4架以上。
要点：要完成此关SR推荐用赛巴斯塔，不仅射程有4，而且能够分辨敌我，先派赛巴斯塔往人堆冲，第二回合派其他机体将聚集在周围敌机打残血，让正树用精神“气魄”配合直觉，也可以加上“声援”和“祝福”后用地图武器一次解决。得到SR后就可以放心地打了。击坠扎古III改后敌我双方出现增援，扎古III改变为我方，卡谬乘坐高达Z，全灭敌人后过关。
路线分支
接下来是游戏第三次的分歧剧情，分为
（A） 打倒多恶达部队，超级系路线
（B） 对密斯路基部队：真实系路线
这里选择了B路线。
第30话（B）：心中的暴风雨
胜利条件：全灭敌人
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 迪奥，希洛中任意一位遭到击坠
敌方配置：GWARDIA*6，GWARDIA（玛格丽塔），NEBIROS，盖特拉修，莫兰*4，基拉-德卡*4，沙贝特*8
SR获得条件：4回合内通过关卡
要点：本关迪奥会因为剧情而暂时无法使用合体攻击。敌机数量非常多，时间也非常紧，还是老样子需要大部队加好精神后冲入人堆，利用反击迅速全灭敌人来获得SR。由于有水地形，推荐让飞行的机体或者给机体装上水地形S的强化零件来参加此关战斗会更有效率。在回合限制内全灭敌人后获得SR和过关。