20话 あの忘れえ日々
说明：第二结束时，机动战舰扶子号会带着他的成员背叛，在左边出现。不过过关后，他们又会重新加入我方。第三回合结束时，敌人又会有援军出现，在右下角，女主角也会出现。敌人不是很好对付的，多用精神吧。
重点：第三回合结束后出现的敌人的援军实力很强大，尤其是靠后面的等级22的那个人(先用侦察看看)。先把水里的几个解决掉，然后把女主角干掉。最后那个就要利用援助攻击了，加上热血给他致命的一击。他的HP掉到1/4以下的时候就会逃跑，他的机体有HP恢复的特技。注意不要把回合数拖的太长，不然左边的部队也会攻上来，到时候就没有打的份了。(那个可是本作游戏的最终BOSS呀，要把他赶跑可不是那么容易的，要费劲了)
胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
21话 决められた道をただ步くよりも
说明：这关可以说是十分的简单。第二回合结束后，敌方援军会在左面出现。第三回合，我方的三个候补队员就会强制出场(笔者是一直拿他们当候补)，此时他们的座机都会变成高达系。
重点：本关的敌人和13话中的敌人一样，有让各种武器的攻击力减弱的屏障(机体的特技)，不过光线除外，因此，高达系的主角们可以大干一番了。而其他人最多打个4000左右的HP就不行了。
胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
22话 “来访者”を守り拨け
说明：这关先要保护九十九从上面撤退，在一路上敌人并不是很厉害，但是HP都比较多，因此要多利用地图武器和援护攻击。在九十九从最上面撤退后，敌人有援军出现在左上角，但只有一个，如果大家玩过其他的机器人大战系列大家应该认得他。敌人全部被消灭掉时，我方有三名队员加入，在中间方向，同时敌人的援军部队也会在右下角出现。当右下角的BOSS被击破后，女主角出现，并把新来的三个人中间的一个带走。
重点：这关要多依靠两个主舰的武器，先把两个主舰放在最上面，然后后面的队员在去歼灭已经消耗很多HP的敌人部队。敌人并不是很多，但还是要小心。
九十九撤退前的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
九十九被急迫
九十九撤退后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
23话 “俺たちの战争”が始まゐ
说明：这关一上来就只有一个人，快往右下角跑吧，大部队会在那里出现。。当第二回合结束后，敌人也都进攻完时九十九会赶到，把元一郎叫走，此时大水牛(デュ-ク)会赶到，不过第三方部队会同一时间在左下角出现。第五回合时，我方大部队到来，是在右下角，准备战斗吧。
重点：笔者建议一上来先别动，利用精神集中躲避敌人的进攻，等到大水牛来的时候一起想右下角跑。然后利用主舰的地图武器进行进攻。敌人又是那些有防御武器攻击的特技的敌人，大家应该知道怎么对付了吧。
水牛到来前的胜利条件：敌方全灭
失败条件：月面フし-ム被击破
水牛到来后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：月面フし-ム被击破
水牛被击破
大部队到来后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
24话 梦色の追迹者
说明：第二回合，我方在左边便会有4名增援，不过都是NPC。第三回合，大部队赶到。当敌人的先头部队(最开始移动的部队)被消灭一半多的时候，敌人的增援部队就会在中间出现，再下个回合，科会驾驶GP03D出现在左上角，而盖特、水牛和他的女伴会在左下角出现，并破坏敌人基地成功。当一开始的那个武士BOSS被击破后，一开始上来的那五个人都会撤退，而在右下角又会出现第三方的部队。
重点：本关的敌人都不好对付，尤其是第三方的部队。如果在此之前科的等级在22左右的话，对本关来说将十分有利，笔者在此之前没有练过他，以至于他的等级只有11级，连个敌人都打不到。
大部队到来前的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方全灭
マイヨ被击破
大部队到来后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
マイヨ被击破
当マイヨ撤退后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
25话 星灯りの小夜曲
说明：一上来主角就不在了，大家只能靠自己了。当第二回合开始时，上一关的那五个人会在左下角出现。他们不会攻击我方部队，而是攻击敌方的部队。
重点：这关的敌人的能力有了很大的提高，右面的那部分的小兵有强化人间的特殊技能(相当于NEWTYPE能力)，因此命中率和回避率都有了上升。
胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
过关后有分支：A.デビル机动要塞の放はどうなっていゐ!?
B.マリ-メイア军の方どうなっていゐ!?
26话A 君を永远に爱してゐ
说明：第三回合结束后，敌方的增援部队在左面赶到，而此时マイヨ也会在下面出现增援我方(那个地方出现的一点也不好，还不如不来)，ケ-ン也会重新加入我方部队。当敌人全部消灭后ウォン后乘座复合高达出现在上面，他并不厉害，只是HP多点，装甲厚点。将他击毁后，被DG细胞侵蚀的零驾驶着恶魔高达最终化状态的机体出现在附近。将她击毁就会看见《机动武斗传》的结尾部分。
重点：本关的敌人是不会移动的，但是只要你到达他的攻击范围里，他就会向你进攻的，所以要好好的利用这点，慢慢的推进。笔者就是打了一共30个回合才完事的。因为本关有3个BOSS，所以在武器和精神的使用方面要注意。其中以最后的恶魔高达最难打，因为它有HP恢复的特级，武器的攻击力也十分强大，要活用精神才能出奇制胜。
ケ-ン加入前的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
ケ-ン被击破
多蒙被击破
ケ-ン加入后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
多蒙被击破
附送结束时的剧情(《机动武斗传》的结尾剧情)：多蒙在他的同伴的帮助下，将复合高达击败，自己赶去就零。但是此时的零已经被恶魔高达的DG细胞所侵蚀，而且恶魔高达也已经到了最终状态，它正在把自己的魔爪伸向地球。无论多蒙怎样呼唤，零都是对他不理睬。在朋友的提醒下，他讲述着过去和零在一起美好的生活，并说出了能让零敞开心扉的咒语—我爱你。此时的恶魔高达已经停下了所有的活动，零也摆脱了恶魔高达的侵蚀，扑进多蒙的怀中，他们两个人一起使用了最强的绝招—爱的石破天惊拳，一击将恶魔高达彻底的摧毁了。
26话B 永远への回归
说明：第二回合开始时，我方有4名援军在下方出现。第二回合结束后，地方有援军在两边出现。第四回合结束后，女主角和张五飞在左右两边出现，当张五飞被击破后，便会撤退，而且希洛也会撤退。
重点：敌人的能力很强，尤其是以两边的强化人间的士兵驾驶的机体的回避和命中率都比较高，因此我方的回避率就成了个问题，多用绝对躲
避吧。
大部队到来前的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方全灭
大部队到来后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
27话 あなたがいて，私がいゐ
说明：第三回合，敌人的援军会在右下角出现，与此同时，我们的男主角会在左下方出现。第五回合开始时，张五飞作为敌人在左上角出现，而希洛驾驶飞翼零天使化出现在张五飞的旁边，不过他是我方人员，而我们的大部队也会在这个回合赶到，是在右上方。
重点：本关的敌人总体来说不是很强，但是陆军中的那个HP9000(最好先侦察一下)的机体的攻击力比较高，而且射程远，应该优先考虑消灭。至于那个陶拉斯嘛，只要在水里攻击他就可以了，他是不会反击的，因为他的武器都是光线武器，不能在水打的。注意，如果上一关是A路线，这关的大部队就是A路线的部队，如果是B路线，这关的大部队则是B路线的部队。
大部队到来前的胜利条件：敌方全灭
失败条件：已方全灭
大部队到来后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
28话 それぞれの战う意味
说明：第五回合，第三方部队从上面出现。第六回合，敌方又一部队增援在右面赶到，大战要开始了。注意，第三方部队的BOSS被击破后，他又会乘座新的机体，那个机体比较厉害，大家要小心了。
重点：这关的水比较多，要充分利用这一点，带人的时候把高达W的那五个人都带上，因为他们的武器都不受水的限制而且能充分发挥(希洛的飞翼零天使化除外)，站在水里面，光线武器是无法攻击你的，而你的光线武器也是一样。不过要说的是，光线武器在水里向外发射的话武器的性能不受水的影响。
胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
29话 地底城强袭
说明：第三回合我方大部队在地图右边赶到。第三回合结束后敌人的援军从上下放各4个出现。第五回合结束后，地方在左面又出现增援部队。这回的敌人众多呀，不过都是比较好对付的。
重点：不要被敌人的数量所吓倒，敌人虽然数量多，但是厉害的也就是BOSS级的那3个人。其他的要逐个击破，要不然就会被围攻。多利用我方所有的地图武器，这个是制胜的关键。真?盖特一上来比较弱，过关改造后也不是特别的强，不过他还是队伍中的主要仲间呀。
大部队到来前的胜利条件：敌方全灭
失败条件：已方全灭
大部队到来后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
30话 父と子の绊
说明：第二回合结束后，敌方有援军出现在我方部队的四周。第三回合，敌人还是有援军出现在我方四周，并且会看见怪兽制造工厂被破坏。当第四回合结束或是敌人全部消灭后，敌人又会出现援军。
重点：这关最后的BOSS的攻击力十分的强大，多留着点精神和他拼吧。别忘了加血，笔者挨他一下(飞翼零天使化全改满，气力135)掉了5000多，真的很恐怖。
スカ-ル-ク出现前的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
スカ-ル-ク出现后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
スカ-ル-ク被击破
当最后两个BOSS出现时的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
スカ-ル-ク被击破
5回合经过