有个叫做阿马利博士的女人也许可以从克罗格的大脑取出进入学院的秘密。前往公园街站然后往西北面就可以前往芳邻镇。
刚进入芳邻镇有一名叫作芬恩的人要收取你的保护费，但他随后很快就会被人支开。
前往芳邻镇memory den，从后台落到底层就可以去到阿马利博士的实验室。
瓦伦坦以能够了解学院科技内幕为由，阿马利博士决定帮忙，可是要绕过克罗格记忆体的防火墙，需要用到两个人的大脑，瓦伦坦决定再帮你这个忙。
进入到记忆内，你可以跟随着神经体来行进以读取克罗格的记忆。
第一段记忆是克罗格的儿时，其母亲为了保护儿子却遭到父亲的家暴。
接着是克罗格的青年时期，当时他很反叛，认为幸福是在失去时才会发现，而他的焦点都放在一些狗屁琐事上。
然后是克罗格工作的景象，这段景象是无法存取的，只能单纯看动画。
随后就是去到酒吧当中，这时候克罗格与人爆发口角，也许他只是想打人一顿，但他经常是希望能把人直接打死，这充分反映其暴力倾向。
这段记忆过后要从右侧的吧台离开。
然后是克罗格在学院的面试现场，这是克罗格的无奈，他来到了联邦已经走投无路，所以也只好接受学院赋予的生活。
紧接着是去到学院内部的机房内，克罗格表示自己指挥听从命令行事，这次的行动很怪异，因为绑架行动只能由他一人执行。
虽说是绑架，但为何要绑架这个男孩，克罗格和学院内相关的工作人员可能都不太清楚。
最后是去到克罗格最新的记忆，那就是他的家中，这时会看见尚恩和克罗格在一块，首先要存取克罗格的记忆。
之后一名学院追猎者会出现，他使用同步传送带着尚恩离开，并且下达了要杀死叛变学院科学家维吉尔。
尚恩在离开前，还与克罗格道别，看来尚恩认为克罗格是好人。
点击电视离开记忆体，然后与阿马利博士对话，你已经知道前往学院的办法就是要通过同步传送。
然而阿马利博士并没有这方面的学识，你想到的是去寻找追猎者提到的叛变科学家维吉尔，想必他能够有办法。
可是前往他所在的发光海必须要拥有抵御强辐射的装备，所以你需要去做足准备。
主线任务：发光海
你必须找到维吉尔，就是那个逃走的学院科学家，他一定就在发光海的某个地方，希望他能帮你接触到学院。
先传送至废弃宫殿，然后往西面联邦边界走去，只要一走出边界，整个区域都充满辐射，要注意这里的水池、毒液溪，这两种地带辐射量可以高达16+。
沿路主要会遇到死亡利爪和辐射蝎子，它们不会成群出现，所以能够轻松绕过。
途径翻覆的工厂就可以进入到原子坑洞，这里是原子之神邪教徒的领地，与他们的领袖伊索德对话。她知道维吉尔偶尔会来到这边做交易，但此人很谨慎，并且居住在山洞上。
继续往西南面的岩洞就去，维吉尔就居住在这儿。
内进后解除两串铁罐，然后借助岩石作为掩体摧毁两台炮塔，接着在走廊前再解除两串铁罐，等待走廊内巡逻的机器人往洞内走去时，直接冲上去与维吉尔对话。
维吉尔已经受到严重辐射的影响，但他还有人性，当他了解到你的儿子被绑架之后，他表示自己愿意合作，但报酬是要你在他的办公室内取回血清（这个支线任务有多个选择的发展方向，在下文会有详细叙述）。
现在第一步工作就是你要获得一个追猎者的特殊硬体，这件设备让他们和学院的传送技能直接连接。