冒险之伊始
一开始，我们要先选男女主角。上次玩水晶时我玩女，这次当然玩男啦。（“玩女”？“玩男”？……MelonGx：不要想歪了~~~！）
进入游戏时，发现你在一辆卡车上。下车时妈妈告诉你，你们全家刚搬到这个ミシロ镇，叫你上去2F整理房间。在房间的电子钟处可以调整时间。下楼时，妈妈叫你看你老爸的电视专访，得知你老爸的好朋友玉木（オダマキ）博士就住在这儿。GO GO GO！
去研究所，博士不在；去博士家，也不在。上博士家的2F，发现博士女儿（就是副主角）在玩电脑。对话后她离开。全镇都找不到博士，惟有往上走至R-101（就是Route 101，以下全用R-XXX表示）。果然在此！只见博士被只No.010（ポチエナ）追住不放，包都丢在一边（好废的博士……汗）。上前拾起包，掉出三个精灵球——3拣1啦！！！
No.001 キモリ 草系
No.004 アチャモ 火系
No.007 ミズゴロウ 水系
我选的是草系。真是好运气，被我遇到只闪光的^^但个体值实在不理想……
注：如果玩女的话，副主角会是博士儿子，而且你的家位置跟博士家调换。
战胜那只No.010后，博士带你回研究所，并给你刚才选的那只PM。然后博士叫你去R-103找副主角。从研究所出来之后，一直往上走，走过R-101和コトキ镇，来到R-103。找到副主角后和她单挑（她的PM总是克你的那只），战胜后她离开。回研究所请赏吧！回到研究所，从博士那儿得到图鉴。
注：Rubby和Sapphire的图鉴经过重新编号，新旧PM混杂在一起。
离开研究所，开始真正的旅程。出镇之前妈妈会给你跑步鞋（按B时在大地图走路速度×2）。到达コトキ镇后左行，进入R-102，打败众Trainer后来到トウカ市。
PC里有人叫你给他写Trainer Profile（随便给他写句标语就OK啦）。去GYM，却见一个叫ミツル的小鬼拉你去捉No.029。回来后，馆主（事实上是你老爸^^）叫你集齐4个Badge才找他——KAO！向左出城吧（进入R-104）。
在R-104见到一无人小屋，旁边有座桥，桥下有艘游艇。有什么用呢？暂时Unknown。往上走就是トウカ森林。
森林里，有位老兄（无名字，就叫他AAA吧）正在找No.034，突然熔岩（マグマ）兵团的人出现，并跟你单挑。战胜后从AAA手上得到SUPER BALL。继续走，发现北边是Exit，东面却被2棵树挡住（劈树机器呀，你在哪里？）……出去再说吧。
注：Sapphire版是水（アクア）兵团的人。
出去后还是R-104。跟左边的人对话能得到TM09，去左上角花店能得到ホエルコ喷壶和一颗树果。往上走过桥，去右边找老婆婆又能得到一颗树果。再往上就来到カナズミ市。
进入カナズミ市，首先去左下角大屋2F得Premium Ball（一个纪念品Ball,捉PM效果和普通BALL相同）；再去中间的PM学校拿先制之爪（せんせいのツメ），还能看各种异常状态的介绍；然后去Pokemon Center左边的小屋拿HM01（居合斩）（终于可以劈树啦！但是还要拿徽章……）；最后呢——当然是去GYM（岩系）暴挑一顿，OVER！
不安的预兆
拿到徽章和TM39后出GYM，突然见到AAA追着森林里那个熔岩兵团的人往R-116去了。GO GO GO，穿过R-116来到カナジタ隧道门口，一位名叫ハギ的老伯说他的小P被抓了。进去隧道，果然是那个熔岩兵团的人在搞鬼！一阵PK过后，他把从AAA那里偷来的デボンのにもつ丢给你，扔下小P逃之夭夭了。老伯也来了，但什么都不给就带着小P走人，KAO！只好回去啦。回到カナズミ市北门时，AAA会给你SUPER BALL，并带你去他工作的デボン公司（专门从事PM道具研究的一间公司）会见他的BOSS。BOSS委托你2件事：一是把デボンのにもつ送到カイナ市的造船厂，二是送一封信（ダイゴへのてがみ）给ダイゴ，并送你PokeNavi（Pokemon Navigator，可查看地图、PM相貌属性（かっこよさ——Cool、うつくしさ——Beautiful、かわいさ——Cute、かしこさ——Smart、たくましさ——Powerful）、交战过的部分Trainer资料（有PokeBall的代表现在能跟他/她再单挑一次））。
Tips：①送完信后找BOSS能拿到学习装置（がくしゅうそうち）；②拿到化石后（参见第4章）来这里的2F，找下方研究员，他会要你的化石，走出这栋楼再走回来就能拿到复活的PM了（像极了红绿蓝黄^^）
回去隧道，发现里面有2块碎石堵口（有いわくだき该多好……），只好come back town。在カナズミ市南门，副主角突然出现，告诉你一位老伯（ハギ）和一只沙鸥（小P）刚从森林里下去。一路Rush下去（往森林里要劈树的那个方向走能拿到奇迹种子（きせきのタネ）），直奔R-104的小屋（其实就是ハギ老伯的家^^），跟老伯对话后，他二话不说就拉你上游艇——载你到地图左下角的ムロ镇。
走进桥边的小屋能拿到一条丝巾（シルクのスカ－フ），中间的老兄会给你破烂钓竿（钓鱼方法略有不同,等到出现“ひってる”时立即按A才能钓上鱼,更高级的钓竿还可能要连续这样做几次）。左上角的会所又是一群人谈论你给会所外面的人写的Profile（还能拿到TM36^^）。去GYM，发觉视野只有半径约0.5cm的圆那么大，好在挑完一个Trainer视野半径就加0.5cm（真够BT的）。这个GYM以使用格斗系PM为主，物攻相对较强，请留意。战胜馆主后得到徽章和TM08。
海岸线上的繁华景观
往北走之后再往西，进入岩石洞窟（いしのどうくつ），与见到的第一个人对话，得知那个ダイゴ（就是你送信的目标）独自一人进去了，里面很黑。然后他给你HM05（闪光）（拿了徽章，当然能用啦）以便你进去开视野，马上装备吧。一直走到深处一个小洞里，会见到你要找的ダイゴ。把信给他能得到TM47，之后他离开。
Tips：（1）洞内B2F有一堆碎石待爆（可能出现No.60给你捉）。另外B2F能拿到隐藏的不变之石（かわらずのいし）。（2）在B1F会发现一处泥石流小径，走在上面会滑下来。以后若你拿了神速车，你就能通过这里。里面有升级糖可以拿，但是路面实在……参看第10章“空之柱”。
下一站：カイナ市——坐上ハギ老伯的游艇，Ready-Go！……怎么只是到R-109？又要面对大堆Trainer。好在R-109右下方2个小女孩的其中一个给你软沙（やわらかいすな），左上方小屋内挑完所有Trainer后能买SODA POP。
カイナ市的左边简直是“菜市场”——从下往上数，左边第一位卖玩偶，第二位卖兴奋剂，第四位却叫你找一个TM名叫“秘密的力量”（就是TM43——后文会提到）。市区上面还有几间屋：PM爱好俱乐部（若排头PM亲密度高，能得到やすらきのすず）、姓名判断师的家（给你自己捉的PM改名的地方）、“PM选美大赛”Hyper级会场（1、大堂里能拿到糖果袋（ポロックケ－ス），之后就能在右边用树果玩转盘游戏，换取给PM加相貌属性的糖果；2、里屋左下角能拿到TM41）、港口（现在没有船……）。
Tip-1：当你在R-111拿到TM43时，回来会发现左边第四位卖摆设，右边那行有人卖TM10和TM43。
Tip-2——关于转盘游戏：（1）在指针正转到你的位置时按A得“双圆圈”（Perfect——转速大幅提升），差不多转到你的位置时按A得“单圆圈”（Good——转速提升），其余情况得“×”（Poor——转速下降）；（2）每种树果对应一种糖果，糖果LV(也就是属性增量)与平均转速成正比(做出来的糖果LV会变化时才有效)，而光滑度(なめらかさ)却是固定的。欲知更多Details,请参考525或等待专题补完。
咦？中间的水族馆门前怎么这么多熔岩兵团团员？先去下面的クスノキ造船厂，跟走廊旁设计图纸的人对话，得知厂长クスノキ在水族馆里面。马上去水族馆，没人堵口了，进去吧（门票50元）。一进门，发现所有熔岩兵团团员都在里面。第一位团员（就是上2次跟你单挑的那位）会给你TM46。上楼能找到クスノキ，正在谈话，忽然有2个熔岩兵团的人上来准备抢馆内的模型。这时你会和他们单挑。赶跑他们之后，按约（参见第2章）把デボンのにもつ交给クスノキ，Mission Completed。
往北走，Cycling Road由于没有单车所以进不去，只好走步行街：右行进入R-110，左行进入R-103的右半部分。往右走，中途会遇到副主角，她马上嚷着要跟你单挑。战胜她之后，她却笑嘻嘻地送你一架探宝机。继续走便到达キンセツ市。
Tip：R-110和R-103交界处有间小屋（からくりオヤジ家），每挑完一间GYM去一次，屋主都会跟你玩捉迷藏（先调查房间内闪光的地方）。捉迷藏的地点是在小屋里面，每次都布满了机关（请运用你的智慧自行破解），还有很多Trainer等着你。你的目的是走出这间屋子，走出去要知到暗号，暗号就在屋子内的一张纸上。通过后可从屋主处得到奖品：1st——升级糖，2nd——TIMER BALL，3rd——硬石（かたいいし），4th——烟雾弹（けむりだま），5th——TM12，6th——电磁石（じしゃく），7th——PP MAX（ポイントマックス），8th——红色帐篷（あかいテント，是一件秘密基地用的摆设）（Sapphire版则是送蓝色帐篷（あおいテント））。拿完8th奖品之后，屋主说再也没有东西可以给你了。之后他就出外旅游去了……
进入キンセツ市后，先去第一间小屋，屋主想用Coin Case跟你换ハ－バ－メ－ル。有时间就回カイナ市买给她吧，这样就能去Game Center买代币玩游戏了。右下的小屋可以拿HM06（爆石）（终于可以“爆石”了^^），东边的单车店可以选一辆单车（有神速车（マッハ）和跳跃车（ダ－ト）2种：神速车起步超慢运行超快，能行走特定路线（裂开的地面、泥石流等），还能玩Cycling Road的劲速游戏（没有奖品……）；跳跃车起步和运行都中等，行走时按B还减速，但停止时按住B就能跳跃起来，故也能行走特定路线（白色“独木桥”、圆形石头阶梯等））（以后还能回来无限次换车^^），去Game Center找左上角的女子，她会给你你3拣1的那只PM的玩偶。
关于Game Center：①代币换领品——TM（13、24、29、32、35），玩偶（キモリ、アチャモ、ミズゴロウ）；②当电视里出现“ゲームセンター”字样时，代表当天是Game Center服务日，玩GAME会容易赢钱（未确认）。
Tip：PC左上角那位老伯会视你ID个位数而变化——如果是2、3，他就是“追星族”，跟他对话后能学到“流行语”（参见第6章Tip）；如果是4、5，他就是“换摆设的JS”，能和他交换摆设（他的有ヨマワルドール、ボールクッション、タイヤ、かわいいはな）；如果是6、7，他就是“传说中的xxx”（具体什么暂时Unknown）。你可以去Pokemon Center 2F“记录通信（第3个柜台——レコードコーナー）”跟别人交换老伯
最后就是去GYM——咦？不是上次在老爸GYM那里看到的小鬼ミツル吗？交谈后他还要跟你单挑！三下五除二搞定他那只No.029，他和他爷爷往西边离开。这下就能“踢馆”了——别高兴太早，电+钢+麻痹你吃得消吗？
山野中的蠢动
战胜キンセツ市GYM馆主，拿到徽章和TM34后，从西边出发，经过饲养屋（生蛋的地方，但是不能看正在生蛋的PM）和R-117到达シダケ镇。镇的西边是“PM选美大赛”Normal会场（与服务小姐对话她会给你参赛证（コンテストパス），另外在大堂右上角能拿到TM45），获胜的PM能得到一块奖章（リボン），还能参加进阶比赛。左下角小屋内可查看排头PM的亲密度。去北边的洞窟吧。怎么来到カナジタ隧道东出口了？不过正好，用新得的爆石机器正好可以“爆”掉这里的碎石。爆完之后碎石边的男子给你HM04（推石）就和他妻子向东出洞了。这时如果你想回西出口，那个AAA会在洞口给你REPEAT BALL。回到シダケ镇，去下面的ミチル之家，却发现刚才那对夫妇和ミツル都在——原来ミツル和他们是一家的！
Tip：从カナジタ隧道东出口进去，直接向左走，也能出洞，但却来到一块小地方。那里有一个人请你帮忙找他的眼镜，用探宝机探到くろいメガネ，交给他，他却说这不是他的眼镜，之后他就“人间蒸发”了……
参加选美大赛须知：每只PM状态第4栏就是招式的表现属性——アピ－ル（白心）代表出招时自己的加分，ぼうがい（黑心）代表出招时你前面的PM的减分，另外还有圆圈（不被人减分）、波浪（不能行动、会被人减分）、打叉（不能行动，不受他人影响）、蓝星（以后出招附加和星星数目一样的分）等特效。比赛时，用和比赛要求相同属性的招时，加1分，且Excite+1，否则Excite可能-1。使Excite加到5的PM能额外获得6分。连续2次使用同一招会-2分。
回到キンセツ市，往北走入R-111。途中怪事连连：先是在一间小屋（カチヌキ的家）单挑他们全家4个人，却只得到石膏脚（きょうせいギプス，带着能使战斗时速度下降但其他属性上升）；再是和2位电视台的人2V2后，他们给你做专访（在有电视机的地方能看到，采访一次看一次）；然后是往前走时遇到沙尘暴，不能通行，被迫左转入R-112。接着一直走，走到えんとつ山的山脚，发现右边的缆车站被熔岩兵团的人堵住了，只好进左边的火之捷径（ほのおのぬけみち）。
从火之捷径出来，发现只是绕过沙尘暴地区。先去右边小屋找老奶奶补HP为妙。小屋左边有位仁兄会给你TM43，之后他回カイナ市去了（参见第3章）叫你装雪。向前走就会进入正在下雪的R-113。路上有间玻璃工房，主人会给你个袋子（はいぶくろ）。从工房左边下去，那里的土堆里有TM32（KAO，TM都做成隐藏宝物……）。再往左走就到了ハジツケ镇。
Tip：拿到はいぶくろ后，在R-113的草地上收集火山灰（实际上是积累步数^^），收集到一定数量就能回玻璃工房换道具和摆设：
250 あおいビードロ 解除睡眠状态
500 きいろビードロ 解除混乱状态
500 あかいビードロ 解除メロメロ状态
1000 くろいビードロ 野生PM出现率上升（地图上使用）
1000 しろいビードロ 野生PM出现率下降（地图上使用）
6000 きれいなイス 玻璃做的椅子（秘密基地摆设）
8000 きれいなつくえ 玻璃做的桌子（秘密基地摆设）
TM43“秘密的力量”地图功能：对着一棵原来能调查的树，或者山地上的一些不能进去但能调查的小洞洞使用这招，便能产生一间屋——这就是你的秘密基地。基地内可以布置摆设（包括一些家里放不了的摆设）。如果在其他地方开基地，原来的基地会复原，而且新基地要重新布置摆设。有时开基地时，会发现基地里有好多洞，这时只要等ミナモ市百货公司的“大拍卖”电视播出，然后去顶层买じょうぶないた，回来补就可以了。最后一提：不能使用飞天或Teleport到自己基地。
在镇上的Pokemon Center见到雅弓（マユミ）小姐正在修电脑，对话后她叫你去R-114找她。左边的小屋内，主人能让你的PM回忆起以前学的招式，但要找到心之鳞片（ハ－トのウロコ）才行（R-118的沙滩上有一块）。镇上还有“PM选美大赛”Super会场，Normal会场那里赢了就不要放过喔！
往西出镇。在上方的小屋能拿到TM28（可恶的钻地~~~这么迟才拿到~~~），屋后却是个山洞，只是有个化石狂热者在里面而已。在小屋西边有位Gentleman给你TM05。往下走过吊桥便来到雅弓小姐的家，她会送你No.022的玩偶。自此之后存放PM的电脑会改名为“雅弓的电脑”（类似旧版的“正辉的电脑”）。
接着往下走上山，过一段距离就来到流星瀑布（りゅうせいのたき），只见熔岩兵团的人正在威胁一位科学家让他交出陨石。刚要上前去制止，忽然见到水兵团的人来搅和（内讧？），熔岩兵团的人见此便全数逃走，之后水兵团的也逃得无影无踪。
Tip：拿完HM07和第8个徽章后——①来R-114的瀑布能找到升级糖；②到流星瀑布里的瀑布，冲上去，在里面的小洞里能找到TM02和TM23，最深处还能捉到No.187。
他们偷了陨石会跑到哪里去呢？对了，那个缆车站不是有熔岩兵团的人把守吗？现在去看看。果然可以进入了。坐缆车到えんとつ山的半山腰，见已经被熔岩兵团占领了。由于下方有2人2狗在堵口，所以只能上去山顶。到了山顶后往左走，战胜一群熔岩兵团的小兵，来到BOSSマツブサ面前。マツブサ扬言要用这个陨石的力量使火山爆发！二话不说，开战吧！战后マツブサ灰溜溜地离去。此时水兵团BOSSアオキリ来凑热闹，然后他也走了。拿起被偷的陨石（いんせき），回到半山腰的缆车站，见下面可以通过了。走过下面的デコボコさんどう就能到达フエン镇。
Tip：（1）デコボコさんどう里不是见到一些小石头铺成的上下山的路吗？如果你的单车是跳跃车，就能在停止时按住B跳上去。（2）半山腰缆车站有人卖フエンせんべい（作用相当于万能解药）。
镇内的PC后门是温泉浴场（穿着衣服背着背包去泡温泉？有没搞错？）。浴场外面有位老婆婆给你一个蛋（队伍要有空位），走八九千步就孵出来了（ソ－ナンス的退化型）。下面的药房内不仅能买药（降亲密度……），还能向里面的顾客拿到木炭（もくたん）。终于看到一个GYM了，火系的，机关比较难走……战胜馆主得到徽章和TM50，推石机器也能用了。
Chapter 5——踏破铁鞋无觅处
离开GYM，副主角正从药房出来，送你ゴ－ゴ－ゴ－グル（使你能抵御沙尘暴的道具）后便踩单车走了。来到沙尘暴地带，下面有TM37，上面有ねっこのかせき/ツメのかせき两块化石（2选1）。拿着化石去找化石狂热者，没反应……当然不是找他啦！欲知化石有啥用途，请参看第2章的Tip。
在ハジツケ镇左下方小屋见到流星瀑布的那位科学家，把陨石给他能得到TM27（那么TM21呢？……）。
去流星瀑布，找到一块月之石。往下出洞来到R-115。左下角沙滩处有心之鳞片，左上角（暂时去不了，要游水）深处有TM01。仅此而已。
去火之捷径里推石头进入深处，也只得到火之石和TM06。
现在到底要去哪里呢？对了，你老爸不是叫你收集4个徽章后找他吗？赶快回去トウカ市的GYM吧！这是个Normal系GYM，比较易破。战胜你老爸后得到徽章和TM42。之后去左边ミツル的家能拿到HM03（乘浪）（拿了你老爸给的徽章就能用了）。BTW，至此之后那个驾驶游艇的ハギ老伯会回到カイナ市的造船厂（什么都不做^^）。
战胜你老爸后——
㈠回家可以找妈妈要金币护身符（おまもりこばん）。
㈡去キンセツ市的路中间能找到3th GYM馆主テッセン，他会送你地下钥匙（ちかのカギ）。之后向R-110的那个小湖游去，就能到一个小洞（ニュ－キンセツ），进去后到最深处停止发电机（顺便捉霹雳弹、小磁怪，以及拿雷之石），回来找テッセン能拿到TM24（十万伏特）。
㈢来到トウカ市PC，找右上角那位叫你帮他写Profile的老兄，输入“ふしぎ できごと わくわく ドキドキ”，重新开机后Load选项就会——嘿嘿……^^
Chapter 6——草丛中的隐藏者
拿到游水机器（HM03）后，有3条路可选择：
㈠カイナ市往下走（R-109），在途中会见到一艘沉船（すてられぶね）（坐游艇时大家应该看到吧）。在船里的B1F有一间仓库锁着进不去，走到船的最里面，沉船船长会给你仓库钥匙（そうこのカギ），回去仓库就能拿到TM13（冷冻光束）。另外，B1F下方中间的房间有块地方浸了水。在那里潜水（HM08必备），游到里面一个小洞浮上来，会见到6间房，暂时只有右下角的房间可以进去（里面有水之石）。进去后会发现房间有闪光点，在闪光点能找到1号房钥匙（1ごうしつのカギ）。找到1号房（里面有TM18），开门之后，又发现闪光点，能找到6号房钥匙（6ごうしつのカギ）……依次打开1、6、4、2号房（4号房钥匙能打开2间房）之后，在2号房发现たんちき。到沉船船长那儿，他让你把たんちき拿给“水族馆馆长”兼“造船厂厂长”クスノキ。在カイナ市港口找到クスノキ后（拿了HM08时他一定在那儿）把たんちき给他，他会给你しんかいのキバ/しんかいのウロコ的其中一个（这2个道具是给No.176加特攻/特防的，如果让No.176带着这2种道具通信的话……）。
㈡カイナ市往右走（R-134），由于有自东向西的急流，所以过不去。
㈢キンセツ市往右走（R-118）。这也是唯一的一条路了。
在R-118过河后找一位钓鱼男能得到普通钓竿。继续走，只见那个ダイゴ又出现，但是马上就离开了。很快走到一个分岔：上面是R-119，右边是R-123（一直走会见到个树果农场，但那已是尽头），往上走吧。哇，这里的草丛怎么这么高，单车都不能通过，要步行！过了草丛后能见到一间充满着沙鸥的小屋。接着一路Rush过两座桥和几堆草丛，来到天气研究所（てんきけんきゅうじょ），发现已经被熔岩兵团占领了。肃清此地熔岩兵团后，所长会给你No.142（ポワルン）（队伍要有空位……不过不要紧，1F有电脑^^还有床给你睡觉补HP^^）。接着往右过桥，向上走，副主角突然出现，并再次跟你单挑，战胜她后她送你HM02（飞天）——“多谢你的大礼！”之后向上走便到达ヒワマキ市。
Tip：①R-119那间小屋左边有一些白色的“独木桥”，如果你的单车是跳跃车，同时按一下上/下和B键就能往上面“独木桥”/往下面“独木桥”跳；②在与副主角单挑的地点往下走，游进小河，下面最深处能拿叶之石，上面瀑布有升级糖（挑完第8个GYM再来吧）；③R-123树果农场的主人“果实名人”会给你No.21-No.29随机2颗树果，旁边那位老太太（“果实名人”的妻子）会视你输入的内容来决定给你哪种树果——“すごい しょうぶ”（No.31）、“チャレンジ コンテスト”（No.32）、“すごすぎ ラティアス”（No.33）、“かっこいい ラティオス”（No.34）、“モーレツ ハッスル”（No.35，这2句都是“流行语”——参见第3章的Tip），输入其他则是No.01-No.09随机1颗树果。一日可找2位各拿一次。
ヒワマキ市处于一片树林中，道路以吊桥为主（不能踩单车）。上面第1间屋有人以エネコ换你的黄色x老鼠（在Safari Zone能捉到），第2间按“1”“1”“2”顺序回答问题能拿到TM10，第4间有人以しろいハ－ブ换你的桃色糖果（用No.03树果玩转盘游戏得到）。下面第2间屋卖摆设。去中间的GYM，发现被什么东西堵住了路口，只好向右出城（R-120）。走到木桥上，看到ダイゴ发现了一只隐藏在桥上的No.145（カクレオン，就是电影《Pikachu心跳捉迷藏》出现的那只），上前战胜或GET它后，ダイゴ就把デボンスコ－プ（让你发现隐藏的No.145）给你，然后飞走了。难道GYM那里也是被No.145堵口吗？回去试试，果然如此！赶跑那只No.145后就能入GYM（飞行系）了。这里机关比较复杂，请自行摸索。战胜馆主后得到徽章和TM40，飞天机器也能用了。
Tip：去R-120桥下的湖（入口有No.145隐藏）里的洞（ひでりのいわと）能拿到TM11。
火山，终于要爆发了
走过R-120（下雨地带），来到R-121的一个分岔：
㈠向右走能到达ミナモ市。
㈡向下走进入R-122，能到达おくりび山，或者下去R-123（左转见到的女孩会看你队伍排头PM是否草系，如果是就给你TM19；继续走又回到R-118的那个分岔）。
㈢上面是Safari Zone（500元/30 Balls/500步/不能存档/大量旧PM可以捉）（注意：如果没有拿到糖果袋（ポロックケ－ス，在カイナ市“PM选美大赛”Hyper会场拿到），或者里面没有糖果，就不能进Safari Zone）。进去后从左边走（需神速车）能捉钳刀甲虫和铁甲犀牛，还能拿TM22；从上面走（需跳跃车）能捉ヘラクロス和ゴマゾウ，还会看到一堆碎石待爆。
先去ミナモ市。又是一堆熔岩兵团的小喽罗，看来这个城市也布满了熔岩兵团的势力。在百货公司门口，副主角会跟你最后一次单挑，战胜她后，她便辞别你回家去玩电脑了^^。百货公司左边是美术馆，右边是忘光光老爹的家（忘记招式的地方）。下方是“PM选美大赛”Master会场，赢了之后能多得一块奖章，还有美术馆的画家给你胜出的PM绘画（之后贴在美术馆2F）。再下面是港口（同样没有船）。
注意：要有画家给你胜出的PM绘画，首先要去美术馆跟守在楼梯口的老伯交谈，然后是在Master会场中赢得冠军，且最后排名表中“人气”（心）+“实力”（星）＞12。每种比赛1张画。
往右边的海滩进发吧（临海滩的小屋内能拿到TM44）。向右上角走，发现是熔岩兵团基地（マグマだん アジト），进去跟守卫对话，得知熔岩兵团“大军”压至おくりび山。马上去吧！
进入おくりび山才发现是间鬼屋……上楼能得到のんきのおこう、うしおのおこう、TM30，不上楼直接往左出去便能上山。上山途中能捡到TM48。山顶上，熔岩兵团果然在此作恶，不可饶恕！一阵PK赶走他们。熔岩兵团的干部临行前说他们准备在カイナ市做一件“好大事”！不能耽搁，赶快回去阻止他们吧。另外，赶走熔岩兵团后，山上的2位老人告诉你あいいろのたま被熔岩兵团偷走了……但是他们仍将べにいろのたま交给你。
注：Rubby版拿到的是べにいろのたま，Sapphire版拿到的是あいいろのたま。
飞到カイナ市（你想步行/踩单车吗？呵呵……），港口边围了一群人。上前一看，见是クスノキ在接受采访。上去跟他对话后，突然里面传来一阵机械声，原来一艘潜艇被熔岩兵团偷走了……可恶！但他们会去哪里呢？对了，熔岩兵团基地！快点赶回去吧。
基地的机关较上一个GYM的机关更加难走，还请自行摸索（没办法贴图……）。其中一间房有2个去处，其中一个的尽头能拿Master Ball（小心雷霆弹^^），另外一个的尽头便是潜艇藏匿地。赶到藏匿地和守卫的干部开战，战胜后却发现潜艇被拖走了……
离开基地，发现右边的R-124可以通过了。路途中会见到一些深色的水域，看来需要用特殊招式才能探索。继续往右走就能到达トクサネ市。
市区左上角大树下的小孩会给你王者之印。去小孩左边的小屋，发现是ダイゴ的家，这时ダイゴ正在家，他会给你HM08（潜水机器）（在上文提到的那类深色的水域处按A就能潜下去，按B就能浮上来）。在他家右边的小屋能用糖果（不知几号）换一样道具（忘记了……）。往城市的右方上去会见到一块白色的石头（据说是传说中的No.201，但是GET的方法暂时Unknown），石头上面的小屋能拿厉害钓竿。最右边的宇宙展览中心大堂能拿到太阳石。刚好这里有GYM（超系的），在对熔岩兵团去向没有头绪的时候，还是抛开这件事，去踩场吧。这个GYM的机关难度中上，馆主是双胞胎（2V2）。战胜后得到徽章和TM04，潜水机器也能用了。
Tip：在R-124、R-126、R-127的某些地方潜水，能找到很多心之鳞片；另外还能找到一些“xx颜色的碎片（xxのかけら）”，拿到トクサネ市左上的财宝猎人的家（ハンターのこや）可以换进化石：あか（红色）——火之石，あお（蓝色）——水之石，きいろ（黄色）——雷之石，みどり（绿色）——叶之石。
往上游至R-125，忽然见到前方有个洞（浅濑洞窟，あさせのほらあな），当然进去看看啦。……怎么一地都是水？原来正值涨潮期间。不远处站着一位老伯，上前问问，他说他正在寻找あさせのしお和あさせのかいがら，进去帮他找吧。洞的里面也一地都是水……咦？怎么横空悬挂着2座木桥？而且怎样也找不到入口？……对了，现在不是涨潮吗？那就等退潮时候再来啰！别忘了带走里面的4个あさせのかいがら（就是那些从地面露出来的“Sapphire”）。
终于退潮了，一地的水消失得无影无踪。果然，原来能上去的楼梯被一层高地堵住了，而下面却出现了一个大洞！还等什么，进去吧！一路摸摸索索，捡到了4个あさせのしお（就是那些灰色的小土堆），来到了一处地方，这里有位格斗家送你きあいのハチマキ。右边有石头？马上叫出会推石的PM，推开这块石头后，发现还能下去一层楼——哇，好冷！原来是座冰窟。这里的机关有一点难走，不过比以前遇到的机关简单多了。在此除了能拿到TM07和とけないこおり之外，还能捉No.171。回到洞口找那位老伯，他会把你那4个あさせのしお和4个あさせのかいがら组合成かいがらのすず。
大危机！突然反常的天气
从トクサネ市向左游到R-126，发现有一条狭长的深色水域，潜下去，沿线一直走，发现一个小洞，进去后浮上来就到了ルネ市。市内左上方小屋能拿到TM31，Pokemon Center右边2间屋，其中一间能拿到ホエルコ玩偶，另一间，把キノココ、ドジョッチ给2个屋主称重量，若比前一只重（默认40kg），又能得到补PP道具（KAO……难道又要研究这种情况的计算公式……参数是个体值+ID……好繁啊）。去GYM，锁着……
回到R-126，向右游至R-127、R-128。在那里又见到一条狭长的深色水域，再潜下去并沿线一直走，又发现一个小洞，进去后——这不就是那艘失窃的潜艇吗？看来熔岩兵团就在这里！浮上去，到达海底洞窟（かいていどうくつ）。
海底洞窟的机关难度颇大，如果走错洞还会回到洞口。接近深处时有2个地方要巧用推石，请自行摸索。最深处先是能捡到TM26（地震），再往里面走，见到熔岩兵团BOSSマツブサ，还有一只硕大无比的No.199——原来他正准备借助No.199强大的热力吸引太阳，这样做会使整个世界都笼罩在猛烈的阳光之下。不阻止他们的话，整个世界都会被这强大的热力蒸干的！这一切都是为了实现熔岩兵团的目标——扩大大陆的版图而做的，可你的到来却阻碍了他实现这个目标，所以他马上集中兵力对付你。上前打败他吧！他不甘心失败，便拿出偷来的那块あいいろのたま试图操控No.199，谁知，失败了，No.199乘机逃脱了……正在这时，水兵团突然出现，BOSSアオキリ还向你道谢（原来水兵团的目标是要扩大海洋的面积，这和熔岩兵团的目标正好相对，所以这2个团“水火不容”^^）。
注：Sapphire版里，水兵团BOSSアオキリ那时正准备借助No.198庞大的储水量制造阴雨天气，他们的做法后果刚好相反：整个世界都会下起暴雨，直至整个世界被水彻底淹没……
一会儿，マツブサ、アオキリ、你、以及刚到来的ダイゴ在海底洞窟的上方海滩会面。此时这个世界已被笼罩在猛烈的阳光之下（Sapphire版里，这个世界乌云密布，天上下起了瓢泼大雨）。必须尽快阻止那只No.199（Sapphire——No.198，下同），维持天气的平衡，否则这个世界就会被这异常的天气毁灭的！面对现实，2个团的BOSS都无能为力，只好携手合作，共同寻找解决办法。ダイゴ分析了现状，决定前往ルネ市探个究竟。
回到ルネ市，由于受到异常天气的影响，全城的房屋都锁上了（除了Pokemon Center和Friendly Shop）。去到正北边，见ダイゴ和本地GYM馆主ミクリ在此等候你的到来。ミクリ看到你手上的正是べにいろのたま，便带你和ダイゴ来到めざめのほこら（你进去，他们2个等你出来^^）。注意洞里B1F以下都要用闪光开视野。B3F能拿到HM07（冲瀑布）。到达最深处，果然是Fire in the hole！只见那只No.199就站在里面。你手中的べにいろのたま与它产生共鸣，它马上向你扑过来！二话不说，为了拯救这个世界，为了实现自幼以来得到传说PM的梦想，GET它吧！
出来之后，天气也恢复了正常。在GYM的大门口，ダイゴ说要在Pokemon League等你的到来，之后飞走了。进去GYM（水系）踩场吧！这里的道路是冰做的，踩到2次就会掉下去，所有冰都踩一次才能到下一个阶梯。战胜ミクリ后得到徽章和TM03，冲瀑布机器也能用了。
胜利的曙光
离开ルネ市一路往东走，就能来到サイユウ市下方的瀑布。冲上去，见有家Pokemon Center，补HP再说。往上走就是冠军路（チャンピオンロ－ド）。
呼，终于见到出口了。且慢！有人跟了上来。一看，是那位小鬼ミツル来找你单挑！这次他的PM强了很多，小心应付。战胜他后他就一直留在这里（冠军路临近出口处）。出去后便来到Pokemon League，补HP后进去挑战四大天王。
Tip：自此之后，飞来サイユウ市就可以选择飞到南边的Pokemon Center还是北边的Pokemon League。
这集的四大天王分别是用恶系、鬼系、水系+冰系、龙系的PM。由于GBA版这几个系都有新PM和新招，新PM种族值设定得也不错，所以还是比较难挑^^战胜四大天王后，要向冠军挑战了——原来上届Pokemon GBA Master就是ダイゴ！他的PM属钢系，一样由于上述原因而显得较难对付。与ダイゴ全力一战吧！
战胜ダイゴ后，副主角突然跑进来，说要在挑战Master之前给你提供意见，谁知……你已经赢啦。此时博士也来为你成为新一届Pokemon GBA Master庆贺，然后ダイゴ就带你进去登录PM。这集登录后，每只PM还多一块奖章作纪念，Trainer Card（就是主角状态栏）上会多一颗星。
爆机啦一周目内容到此结束！